تم تأسيس البنك في عام 2006 عن طريق دمج بين 3 بنوك كانت تواجه مخاطر الإفلاس، نتيجة تراكم الخسائر والديون المتعثرة وهما بنك النيل والبنك المصرى المتحد والمصرف الاسلامى الدولى للاستثمار والتنمية.

يمتلك البنك المركزي نحو 99.9% من أسهم بنك المصرف المتحد، وكان من المفترض أن يكون امتلاك المركزي للمصرف المتحد مؤقتا، حيث أن دور المركزي أن يكون مشرفا ومنظما ومراقبا على الجهاز المصرفي، وليس أحد اللاعبين في السوق.